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課程名稱 |
生化系統動力分析
Dynamical Analaysis of Biochemical Systems |
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開課學期 |
107-2 |
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授課對象 |
生命科學院 生化科技學系 |
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授課教師 |
梁國淦 |
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課號 |
BST5061 |
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課程識別碼 |
B22 U0650 |
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班次 |
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學分 |
2.0 |
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全/半年 |
半年 |
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必/選修 |
選修 |
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上課時間 |
星期一2,3,4(9:10~12:10) |
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上課地點 |
綜503 |
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備註 |
總人數上限：70人 |
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Ceiba 課程網頁 |
http://ceiba.ntu.edu.tw/1072BST5061_biodyn |
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課程簡介影片 |
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核心能力關聯 |
本課程尚未建立核心能力關連 |
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課程大綱
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為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
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課程概述 |
本課程從基礎化學反應動力學的知識出發，熟悉反應動態測量方法和酵素動力學的基本概念和分析方法。然後將理論的方法應用到較大型的化學反應網路上，學習對生化或分生反應網路建模及模擬技術，從而與系統生物學、代謝工程學、與合成生物學等領域接軌。 |
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課程目標 |
1.了解反應速率實驗測量方法的精神與理論
2.了解基礎反應、複合反應、及酵素反應的速率理論之形成及型式
3.能使用軟體推導及模擬反應網路的速率方程式及動態方程式
4.學習系統生物學中基本的幾種反應模式，並能用軟體做模擬實驗熟悉這些模式的基本行為 |
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課程要求 |
預修課程：普物、普化、微積分 |
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預期每週課後學習時數 |
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Office Hours |
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指定閱讀 |
教師發放講義 |
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參考書目 |
Deterministic Kinetics in Chemistry and Systems Biology, 2015, by Gabor Lente (Springer)
Systems Biology: Simulation of dynamic network states, 2012, by Bernhard Palsson (Cambridge University Press)
Feedback Control in Systems Biology, 2012, by Carlo Cosentino and Declan Bates (CRC Press)
Metabolic Engineering: Principles and methodologies, 1998, by G. Stephanopoulos et al. (Elsevier)
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評量方式
(僅供參考) |
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No. |
項目 |
百分比 |
說明 |
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1. |
每周課堂作業 |
30% |
上課時發放該堂課或下一堂課聽講重點之提示性問題或思考問題，在聽課過程中完成。未出席可補交但減少得分。做答優異有加分。 |
2. |
平常表現 |
10% |
紅利點數，期末加分用。 |
3. |
家庭作業（含程式寫作） |
45% |
每一到兩周指定作業，依作業分量酌計得分比例。以最後累積作業總分歸一化計算作業分數 |
4. |
期末綜合演練 |
15% |
不考期末考，第十七周和期末考周皆進行綜合演練及評分 |
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週次 |
日期 |
單元主題 |
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第1週 |
2/18 |
反應速率的決定 Determination of reaction rate |
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第2週 |
2/25 |
反應動力學 Reaction kinetics |
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第3週 |
3/04 |
反應機制論 Reaction mechanism |
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第4週 |
3/11 |
過渡態理論 Transition-state theory |
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第5週 |
3/18 |
Wolfram Language 基礎 Wolfram Language fundamentals |
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第6週 |
3/25 |
Wolfram Language 應用 Wolfram Language applications |
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第7週 |
4/01 |
酵素動力學 Enzyme kinetics |
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第8週 |
4/08 |
酵素動力學 Enzyme kinetics |
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第9週 |
4/15 |
酵素（一） Enzymes (1) |
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第10週 |
4/22 |
酵素動力學 Enzyme kinetics |
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第11週 |
4/29 |
酵素抑制 enzyme inhibition |
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第12週 |
5/06 |
酵素抑制和代謝通量分析 Enzyme inhibition, MFA |
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第13週 |
5/13 |
代謝通量 Metabolic Flux |
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第14週 |
5/20 |
代謝控制分析 Metabolic control analysis |
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第15週 |
5/27 |
代謝流量分析 metabolic flux analysis |
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第16週 |
6/03 |
生物調控網路 Biological regulatory networks |
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第17週 |
6/10 |
綜合演練 Topical exercises |
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第18週 |
6/17 |
綜合演練 Topical exercises |
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